JRの「運賃」とは、文字通り「運び賃」のことで、ある地点からある地点まで移動することに対してかかるお金です。「移動の対価」というわけです。これに対し、「料金」とは、特別な速さやサービスに対する対価です。
「運賃」は普通列車でも新幹線でも価格は同じです。東京から大阪まで移動したのなら、どんな列車に乗っても「移動の対価」は同じです。
「料金」は普通列車に乗るなら不要です。普通列車には「特別な速さ」も「特別なサービス」もないからです。新幹線は「特別に速い」ですし、シートも快適ですので、それに対する料金がかかります。
運賃計算の基本ルール
JRの運賃は原則として乗車する距離に比例します。「距離」とは、実際に測った距離ではなく、運賃のために決められた「営業キロ」がベースとなります。
運賃の基本ルールはシンプルで、営業キロが長くなるほど運賃は高くなります。JR東日本・JR東海・JR西日本（本州3社）とJR北海道、JR四国、JR九州で価格は少し異なりますが、大きな枠組みは同じです。特例も多く、運賃の計算方法は少し複雑な部分もあります。
JRの運賃制度の特徴は、乗車距離が長いほど運賃が割安になるしくみを採用していることです。これを「遠距離逓減（ていげん）制」といいます。乗車距離が長くなるほど1kmあたりの価格が安くなる、というしくみです。
また、600kmを超える遠距離には往復割引制度もあります。片道の営業キロが601km以上あれば、「ゆき」と「かえり」の運賃がそれぞれ1割引になるというものです。
途中下車
片道の営業キロが101km以上の乗車券であれば、後戻りをしない限り何回でも途中下車をすることができます。たとえば、東京から大阪までのきっぷで、途中駅の名古屋で降りることができます。途中下車のための追加運賃は必要ありません。
ただし、特急券は途中下車ができません。上記のように新幹線を利用して名古屋で途中下車するなら、新幹線特急券は東京〜名古屋と、名古屋〜大阪の2枚が必要です。乗車券は、東京〜大阪の1枚で済みます。
途中下車にもいくつかの例外があります。たとえば、都区内発の乗車券の場合、都区内では途中下車できません。新宿駅で改札を通って駅構内に入った乗車券で、東京駅で途中下車することはできません。
「おとな」と「こども」の区分
「こども」の運賃は「おとな｣の半額で、10円の端数は切り捨てになります。「こども」料金は特急券にも適用されますので、新幹線特急券も半額になります。ただし、グリーン券は「おとな」と同額です。
「こども」運賃が適用される年齢についてですが、JRの場合、「こども」は「小学生」と同じと考えていいでしょう。4月1日に小学1年生になったら「小児運賃」がかかります。
「乳児」と「幼児」の運賃
1歳未満が「乳児」、小学生未満が「幼児」です。「乳児」「幼児」の運賃は原則として無料です。ただし、次の場合は「こども」の運賃・料金が必要になります。
- 「おとな」または「こども」1人に同伴される「幼児」の人数が2人を超える場合（3人目から「こども」の運賃・料金が必要）。
- 「幼児」「乳児」が1人で指定席、グリーン席等を利用する場合。
新幹線の子供料金は、意外と複雑です。詳細については、「子供料金」の項目をご覧ください。
学割運賃
学生割引は、正規運賃の2割引です。割引になるのは運賃（乗車券）だけで、特急料金（特急券）は割引になりません。
学割の適用を受けるには、学割証が必要です。学生証だけでは学割は受けられません。