Q：指定席と在来線を乗り継ぐとき、運賃や特急料金はどう計算されるのでしょうか？
A：運賃は在来線と通算されます。特急料金は新幹線と在来線は別立てなので、打ち切りで計算します。ただし、新幹線と在来線を乗り継ぐときは、乗り継ぎ割引が適用される場合もあります。以下で詳しくご案内します。
新幹線も在来線も運賃は通算。例外もあり
新幹線に乗るとき、運賃（乗車券）は在来線と共通、新幹線特急料金（特急券）は在来線とは別です。
たとえば、成田空港駅～東京駅を「成田エクスプレス」に乗り、熱海駅〜名古屋駅を東海道新幹線「のぞみ」に乗り、名古屋駅〜津駅を関西線の「ワイドビュー南紀」に乗るとしましょう。この場合、運賃は成田空港〜東京〜津を通算で計算します。途中で打ち切りがないのでお得です。
しかし、「成田エクスプレス」と「ワイドビュー南紀」の特急料金は、新幹線と通算しません。それぞれ各区間で打ち切って計算します。
ただし、新幹線と在来線特急を乗り継ぐときは「乗り継ぎ割引」という制度があります。乗り継ぎ割引が適用されると、在来線の特急料金（指定席の場合は指定席特急料金）が半額になります。
乗り継ぎ割引は、東京・品川・上野・大宮駅や九州内での乗り継ぎなどには適用されません。また、上記のように在来線特急〜新幹線〜在来線特急と乗る場合、乗り継ぎ割引が適用されるのは1列車だけです。
そのため、上記の例では「ワイドビュー南紀」には乗り継ぎ割引が適用されますが、「成田エクスプレス」は適用されません。「成田エクスプレス」と新幹線は東京駅乗換なので、乗り継ぎ割引の適用外ですし、乗り継ぎ割引は1列車のみという決まりもあるからです。
なお、複数の列車が乗り継ぎ割引の適用可能な場合は、特急料金が高い方の1列車のみ適用されます。
ここまで書いたのは、正規運賃・料金で乗車した場合です。新幹線回数券などの割引きっぷや、ネット専用きっぷを利用する場合、新幹線と在来線は運賃・特急料金とも打ち切り計算になる場合が多いです。乗り継ぎ割引も適用されない場合が多いです。割引きっぷや格安チケットを利用する場合は、ご確認ください。